名词解释


GO

GO 是 Gene Ontology 的缩写,是基因功能国际标准分类体系。它旨在建立一个适用于各种物种的,对基因和蛋白质功能进行限定和描述的,并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准。GO 数据库分别从分子功能(Molecular Function)生物过程(Biological Process)细胞组成(Cellular Component)对基因产物进行了标准化描述,即对基因产物进行了简单注释。


通过 GO 富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能、途径或者细胞定位。


Pathway

Pathway 指代谢通路,对差异基因进行 pathway 分析,可以了解实验条件下显著改变的代谢通路,在机制研究中显得尤为重要。


GO 分析好比是将基因分门别类放入一个个功能类群,而 pathway 则是将基因一个个具体放到代谢网络中的指定位置。


1. 什么是富集分析


基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类。


2. 富集分析原理是什么


3. 怎么做富集分析


基因富集分析需要我们提供某一类功能基因的集合用于背景,常用的注释数据库如:



未完,待续....