1. 安装依赖


RepeatModeler 安装之前需要安装以下软件:



各个软件详细安装方法如下。


1.1 RECON

#下载后
tar -zxf RECON-1.08.tar.gz
cd RECON-1.08/src
make
make install
#给recon.pl脚本中添加路径,第三行
$path = "*/RECON-1.08/bin"

1.2 RepeatScout

#下载后
tar -zxf RepeatScout-1.0.6.tar.gz
cd RepeatScout-1.0.6
make
##会生成build_lmer_table, RepeatScout-###两个程序

1.3 TRF

选择 Linux command line 64-bit ,下载后,直接使用,不需要解压缩。Release

$ wget https://github.com/Benson-Genomics-Lab/TRF/releases/download/v4.09.1/trf409.linux64 -O trf
$ chmod a+x trf


1.4 RMBlast

# 下载
wget http://www.repeatmasker.org/rmblast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz
#下载后,直接解压即可
tar zvxf rmblast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz


2. 安装

2.1 RepeatMasker 安装

事先必须安装TRF,RMblast。

#下载后
tar -zxf RepeatMasker-4.1.0.tar.gz
cd RepeatMasker
chmod -R 755 *
./configure. 执行后一步一步来,输入需要的路径

#首先是perl环境,默认自动检测,或者手动更改perl主程序路径后回车继续
#然后是TRF, 输入包含TRF的路径
#序列搜索引擎,刚才安装了RMblast,先选择RMblast,然后回车,然后选择5 done
#提示 完成安装,将RepeatMasker设置到环境变量即可


2.2 RepeatModeler 安装

#下载后
tar. -zxf RepeatModeler-2.0.1.tar.gz
cd RepeatModeler-2.0.1
chmod -R 755 *
perl ./configure  根据提示,一步一步来,和上面repeatmasker类似



参考:http://www.meiyoubug.com/article/21937.html