在 bioconductor 的官网里面可以查找到 "OrgDb" 的包大约有 20 个,基本上跨越了我们生物信息分析中最常用的物种啦!


Bioconductor-BiocViews.png


完整链接:http://bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___OrgDb


R 安装示例:

BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db", "org.Mm.eg.db", "org.Mmu.eg.db", 
      "org.Pf.plasmo.db", "org.Pt.eg.db", "org.Rn.eg.db", 
    "org.Sc.sgd.db", "org.Ss.eg.db", "org.Xl.eg.db", 
    "org.Gg.eg.db", "org.EcSakai.eg.db", "org.EcK12.eg.db", 
    "org.Dr.eg.db", "org.Dm.eg.db", "org.Cf.eg.db", 
    "org.Ce.eg.db", "org.Bt.eg.db", "org.At.tair.db", 
    "org.Ag.eg.db"))


  1. 人类:org.Hs.eg.db,Homo_sapiens
  2. 小鼠:Bioconductor - org.Mm.eg.db,Mus_musculus 
  3. 大鼠:org.Rn.eg.dbRat
  4. 酵母:org.Sc.sgd.db,Yeast
  5. 飞行类:org.Dm.eg.dbFly
  6. 拟南芥:org.At.tair.db , Arabidopsis(Arabidopsis_thaliana)
  7. 斑马鱼:org.Dr.eg.dbZebrafish(Danio_rerio)
  8. 蠕虫:org.Ce.eg.db,Worm
  9. 牛:org.Bt.eg.db,Bovine
  10. 鸡:org.Gg.eg.db,Chicken
  11. 犬类:org.Cf.eg.db,Canine
  12. 猪:org.Ss.eg.db,Pig
  13. 恒河猴:org.Mmu.eg.db,Rhesus
  14. 大肠杆菌 K12 株:org.EcK12.eg.db,E coli strain K12
  15. 非洲爪蟾:org.Xl.eg.db,Xenopus
  16. 按蚊:org.Ag.eg.db,Anopheles
  17. 黑猩猩:org.Pt.eg.db,Chimp
  18. 疟原虫:org.Pf.plasmo.db,Malaria
  19. 酒井大肠杆菌:org.EcSakai.eg.db,E coli strain Sakai
  20. 粘球菌 xanthus DK 1622:org.Mxanthus.db,Myxococcus xanthus DK 1622